在确立守山海关必守关外的战略方针之后，袁崇焕和孙承宗便开始思考如何选择合适的据点来捍卫关外防线。最终，袁崇焕建议以宁远城（今辽宁兴城）作为防线核心，加强宁远的防御，并用其巩固关外的战略纵深。宁远原先并无城池，只是一片开阔的平原。直到明宣德三年（1428年），明朝才设立了宁远卫，并开始了城池建设。最初的宁远卫城周长约六里，高度为二丈五寸，且设有护城河。嘉靖四十三年（1564年），时任宁远卫指挥使的陈绛上奏请求重修卫城。宁远卫虽已设立，但规模有限，驻军标准为六千八百一十四人，而城内常驻一千二百余人。
袁崇焕认为，宁远地处辽西走廊的战略要地，是关外防线的关键所在。孙承宗赞同此意见，并向朝廷上奏要求重建宁远城。天启三年，孙承宗指派袁崇焕和满桂负责修缮城墙，招募流民，并开始编练新的军队。然而，新的辽东巡抚张凤翼对此意见持保留态度。他认为，明军应将重点放在山海关的防守上，而不是在宁远城投入过多资源。他担心这样做会浪费国库中已经紧张的财政资源。
孙承宗并未被张凤翼的反对所动，坚决要求袁崇焕按计划加固宁远城。袁崇焕接到命令后，立刻赶赴宁远，亲自督导城防建设。宁远城的修建工作最初由参将祖大寿负责。然而，由于军中弥漫着消极情绪和流言，祖大寿认为朝廷可能很快放弃宁远城的防守，于是消极怠工，工程进展缓慢。袁崇焕到达后，立即对祖大寿进行了严厉训斥，并鼓励将士们要有信心，向他们保证朝廷不会轻易放弃宁远。同时，袁崇焕还下令整顿军心，彻底肃清流言蜚语。
展开剩余71%在袁崇焕的亲自指挥下，宁远城的修复工作加快了步伐。城墙的高度增至三丈二尺，且大规模安装了火炮垛口，壕沟也被深挖，周围的陷阱密布。为了确保工程质量，袁崇焕严查工程经费，绝不允许任何人中饱私囊。修建工作最终由祖大寿和贺谦等人共同监工，并于天启四年正式完工。经过一番努力，宁远城最终变成了关外明朝最坚固的重镇，不仅商贸繁荣，成为新的经济和物流中心，周边的流民也被袁崇焕安置在此地，辽西走廊的新格局逐渐形成。
尽管辽东巡抚张凤翼始终反对在宁远加大投入，但在孙承宗的坚持下，熹宗皇帝最终选择支持此举，并指示各相关部门优先为辽东提供所需的资源。袁崇焕更进一步建议将宁远作为基地，继续外扩200里，加强锦州、大小凌河、松山、杏山等地的防御，形成一个密集的堡垒群，进一步巩固关外防线。到天启五年（1625年），明朝的东北军事态势得到显著改善，辽东局势逐渐趋于稳定。经过孙承宗和袁崇焕等人的努力，明朝成功建立了“宁锦防线”，为明朝守卫东北边境提供了长达二十年的稳固防线。
然而，当明朝在不断努力强化关外防线、准备与后金进行战略对抗时，朝廷内部却再次爆发了激烈的政治斗争。天启四年（1624年），都察院左副都御史杨涟上奏弹劾魏忠贤，揭露其在朝中的腐败与滥权。这一事件引发了东林党与阉党的全面冲突，杨涟等东林党人积极反击魏忠贤及其党羽，试图铲除日益膨胀的阉党势力。
魏忠贤借助熹宗皇帝的信任，成功化解了这一危机，并开始反击东林党。随着政治斗争的激化，杨涟、左光斗等东林党领袖纷纷被打压，东林党几乎被阉党扫除。魏忠贤进一步利用东厂的特权，进行了残酷的打击，致使大量东林党人死于非命。此举使得阉党彻底击垮了东林党，政治格局彻底改变。
由于东林党在万历末年占据了朝廷的重要位置，阉党开始大量提拔其成员，进一步巩固了自己的权力基础。这场政治风暴对辽东的前线防御产生了深远的影响。孙承宗本身为人刚正不阿，面对朝廷的纷争，他并未退缩。天启四年，魏忠贤派遣刘应坤携带十万两白银前往山海关进行犒军，而目的显然是拉拢孙承宗。孙承宗看不上魏忠贤的身份，毫不理会，坚定拒绝了与阉党的任何合作。这种姿态引起了魏忠贤的不满，逐渐加深了两者的矛盾。
天启五年（1625年），山海关总兵马世龙在一次错误的间谍情报指引下，发动偷袭后金占领的耀州，结果被后金军埋伏，损失惨重。此举为阉党提供了攻击孙承宗的机会，他们利用这一失败的战役反复弹劾孙承宗。最终，熹宗皇帝迫于压力，决定将孙承宗调离辽东，任命阉党的高第接替其职务。
然而，高第并不具备足够的军事才能，他完全依赖于阉党的支持。上任后，高第主张撤回辽东军队，只守山海关，放弃了对其他防线的控制。这一决策与孙承宗和袁崇焕等人的战略完全背道而驰。面对这种局面，袁崇焕表示坚决反对，他认为这样做将彻底破坏此前辛苦建立的防线。他带领守军坚守宁远城，誓言不撤。高第虽然对此不以为然，但最终未能迫使袁崇焕听从命令。高第还决定撤掉其他驻守防线的部队，只留下少量兵力负责信使工作。由于这一决策匆忙且没有充分准备，许多刚迁移到辽东的百姓受到重大影响，许多人在撤退的过程中死于非命，民怨四起。
袁崇焕因高第的无能而愤怒，他认为自己多年来的努力功亏一篑，深感国家政局的混乱。然而，尽管如此，他并未放弃。最终，熹宗皇帝提拔袁崇焕为辽东按察使，继续执行原定的防务任务。
天启六年（1626年），努尔哈赤决定发动大规模进攻，目标直指明朝的辽东防线。此前，努尔哈赤因忙于内部改革未能继续扩大战果，但如今他已经整装待发，决心进一步扩展自己的地盘。明朝的辽东防线再次面临严峻考验。
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